История Шебалинской земли начинается с древнейших времен. Поселения первобытных Шебалинцев относятся к палеолиту, это Усть-Семинская, Булухтинская стоянки. Ко 2–му тысячелетию до нашей эры относятся погребения Беш-Озека, Апшуяхты.
В 1626 году основано село Верх-Черга, а в 1726 году села Кумжулу и Верх-Ак-Гайру. Во второй половине 19 века расселились первые русские переселенцы. В 60-70-е годы 19 века село Шебалино было перевалочным пунктом Смоленского купца Шабалина. В начале 20 века на территории Шебалинского района начинается строительство Чуйского тракта.
По переписи 17.12.1926 года в Шебалинском аймаке было 84 населенных пункта. К 01.01.1936 г. – 40 населенных пунктов. В 14-ти сельских Советах проживало 12076 человек, в том числе в аймачном центре – 1935 человек. В настоящее время площадь Шебалинского района – 379,15 кв. км, административный центр с. Шебалино. В районе 24 населенных пункта, объединенных 15-ю сельскими администрациями. Численность населения на 01.01.2003 г. составила 14 362 человека.
20.09.1925 г. образовалась Бертинская трудовая пчеловодо-скотоводческая и земледельческая коммуна «Призыв». К 1936 году в Шебалинском районе существовало более 30 сельхозартелей.
И сегодня в развитии экономики района основным направлением является сельское хозяйство. Основными отраслями животноводства являются : пантовое мараловодство и оленеводство, молочное и мясное скотоводство, овцеводство, коневодство, яководство. В 1934 году Михаил Александрович Аксенов изобрел панторезный станок, макет которого был отправлен в Москву, где был признан и распространен. Модель станка используется до сих пор.
В отчетах миссии указано, что в 1849 году в с. Мыюта начали обучать инородческих детей, затем в 1856 году «заведена» (видимо построено специальное здание) первая школа. Первым учителем была достопочтеннейшая супруга священника Арсентия матушка Елизавета Михайловна Иванковская.
1 января 1904 года были открыты первые почтовые отделения. Перевозка почты осуществлялась земскими ямщиками один раз в неделю из Бийска через село Алтайское, станции Комарская, Чергинская, Мыютинская, Шебалинская, Топучая, Песчаная, Усть-Тенгинская, Онгудайская.
Милиция Горного Алтая образовалась 5 февраля 1920 года. Территория была разделена на 6 милицейских участков, третий участок располагался в с. Шебалино. Первый отдел внутренних дел нашего района насчитывал около полутора десятков сотрудников, несколько лошадей для мобильного передвижения по территории района, технические средства ограничивались лишь протоколом осмотра происшествия, ручкой, а вершиной совершенства был фотоаппарат.
В 1920 году в с. Шебалино был организован врачебный участок. Первыми врачами были Стражевич С. И., Атюнова, Зонов, Шпилькин И. А.
3 марта 1924 года одновременно образовываются отряды юных пионеров в Чемале, Усть-Кане, Турачаке, Шебалино и Чергачаке (Майме). Так началась история пионерии Горного Алтая.
Из Шебалинского района в Великую Отечественную войну ушло на фронт 3870 человек, из них 90 женщин. Погибло 1913 человек, в том числе пропало без вести 925 и 11 женщин.